Uljaana Mannerheimintien ja Rauhankadun välissä Haminan keskustassa seisova Johanneksen kirkko on järjestyksessään kolmas luterilaisen seurakunnan kirkko Haminassa. Johanneksen kirkon edeltäjät, Ulrika Eleonoran kirkko ja Elisabetin kirkko sijaitsivat Raatihuoneentorin vastakkaisella laidalla — samalla paikalla, jossa tänä päivänä sijaitsee Haminan ortodoksisen seurakunnan kirkko (Haminan pyhien apostolien Pietarin ja Paavalin kirkko). Näistä kirkoista valitettavasti molempien kohtaloksi oli joutua tulipalojen tuhoamaksi.
C. L. Engelin suunnittelema, Johannes Kastajan mukaan nimetty kirkko vihittiin käyttöön vuoden 1843 juhannuksena. Alun alkaen Johanneksen kirkko palveli Haminan luterilaisen seurakunnan ruotsinkielistä väestöä, laajeten myöhemmin koko Haminan luterilaisen seurakunnan kirkoksi kielirajat ylittäen.
Seikkailu jatkuu — tiesitkö, että... Johanneksen kirkon vanhin esine on vuoden 1703 raamattu, joka on kulkenut matkan Haminaan aina luovutetun Karjalan Koivistolta saakka.
Johanneksen kirkon kattokruunut ovat kuin ihmeen kaupalla säästyneet edeltäneestä tulipalossa tuhoutuneesta kirkosta Raatihuoneentorin toiselta laidalta, Elisabetin kirkosta.